Der Polder Isarmünd wird durch den rechten Deich der Isar, den Donaudeich zwischen der Isarmündung und Kuglstadt sowie durch die bestehenden Stögermühlbach-Deiche vor Hochwässern von Isar und Donau geschützt. Der Polder Forstern wird durch den Donaudeich (Osten), den linken Stögermühlbach-Deich (Nordwesten) und den zwischen 2018 und 2021 neue gebauten Stögermühlbach-Deich (Süden) abgegrenzt. Diese Hochwasserschutzanlagen bieten mit Ausnahme des neuen Stögermühlbach-Deichs Schutz vor einem etwa 30-jährlichen Hochwasser, die Überflutungshöhen in den Poldern liegen bei einem 100-jährichen Hochwasser bei etwa 3,5 bis 4 Metern.
Die zwischen Frühjahr 2018 und Frühjahr 2021 neu ausgebauten Hochwasserschutzanlagen am Stögermühlbach mit Anschluss an den Donaudeich bei Kuglstadt bilden nun gegenüber der Isar und Donau den rechten Flankenschutz für den Polder Thundorf/Aicha gegen ein hundertjährliches Hochwasserereignis (HQ100). Diese ca. 5,1 Kilometer langen Hochwasserschutzanlagen wurden als vorgezogene Hochwasserschutzmaßnahme „HWS Stögermühlbach“ vom Wasserwirtschaftsamt Deggendorf geplant und umgesetzt.
