Die Donau in Niederbayern ist Teil der 3.500 Kilometer langen Transeuropäischen Wasserstraße, die von Rotterdam an der Nordsee über den Rhein, den Main, den Main-Donau-Kanal und die Donau bis ins Schwarze Meer führt. Sie verbindet damit die großen Seehäfen mit den wichtigen Binnenhäfen am Rhein und an der Donau.
Innerhalb dieser gesamten Wasserstraße stellt die 69 Kilometer lange Teilstrecke zwischen Straubing und Vilshofen den entscheidenden Engpass für die Schifffahrt dar. Die Beeinträchtigung der Schifffahrt auf diesem 69 Kilometer langen Donauabschnitt bezieht sich im Wesentlichen auf die geringe Abladetiefe und die beengten Fahrrinnenverhältnisse.
Mit den flussregelnden Maßnahmen nach Variante A werden zunächst die Schifffahrtsverhältnisse im Abschnitt von Straubing bis Deggendorf verbessert, was insbesondere für die Westanbindung der Häfen Straubing–Sand und Deggendorf deutlich positive Impulse mit sich bringt. Die Arbeiten laufen seit September 2021. Mittlerweile ist hier der erste Bauabschnitt von der Schleuse Straubing bis zum Hafen Straubing-Sand abgeschlossen und für die Schifffahrt freigegeben. Der zweite Bauabschnitt zwischen der Schwarzachmündung und Deggendorf befindet sich derzeit im Bau.
Für den Abschnitt von Deggendorf bis Vilshofen haben sich die Bundesrepublik Deutschland und der Freistaat Bayern ebenfalls auf einen Wasserstraßenausbau nach Variante A geeinigt. Das Planfeststellungsverfahren wurde mit dem Planfeststellungsbeschluss im April 2026 abgeschlossen. Der genaue Zeitplan für den Wasserstraßenausbau unterhalb der Isarmündung steht noch nicht fest.
