Die Bundeswasserstraße Donau beginnt bei Kelheim an der in den Main-Donau-Kanal integrierten Mündung der Altmühl und endet am Kraftwerk Jochenstein an der Deutsch-Österreichischen Grenze. In diesem 213 Kilometer langen Abschnitt liegt die Donau in der Zuständigkeit der Generaldirektion Wasserstraßen und Schifffahrt – Außenstelle Süd in Würzburg bzw. des Wasser- und Schifffahrtsamtes Regensburg.
Unterhalb des Kraftwerks Jochenstein geht die Zuständigkeit für die Donau an die österreichischen Bundesbehörden über. Nach Nordwesten wurde mit der Eröffnung des Main-Donau-Kanals im September 1992 der Anschluss an die Binnenhäfen an Main und Rhein sowie zum großen Seehafen in Rotterdam hergestellt. Donauabwärts kann man über die Binnenhäfen Wien und Budapest bis zum Schwarzmeerhafen Constanta in Rumänien fahren.
Damit besteht eine durchgehende Schifffahrtsverbindung zwischen der Nordsee und dem Schwarzen Meer.
